Nos meses seguintes, capitaneado pelo jovem Fritz-Roy, o Beagle atravessou as águas da Patagónia e do estreito de Magalhães, navegando depois para norte, pelo litoral do Pacífico sul-americano, até Valparaíso. Enquanto Darwin levava a cabo uma expedição à cordilheira dos Andes, num percurso de 700 km, Fritz-Roy auxiliava um barco inglês que naufragara a sul de Concepción e cujos tripulantes corriam o perigo de serem atacados pelos indígenas. Nessa altura, o capitão do Beagle solicitou o comando do HMS Blonde, uma fragata de guerra britânica que se encontrava na zona, para acorrer em ajuda dos náufragos. Consideraram a sua actuação heróica já que, depois de uma viagem, conseguiu salvar todos os tripulantes.
No porto de Copiapó, o Beagle recolheu Darwin, que regressara carregado de especímenes e de cadernos com apontamentos. Depois zarpou rumo às ilhas Galápagos, uma das escalas mais importantes da viagem. A 16 de Setembro de 1835, a expedição