A 4 de Abril de 1832, o Beagle ancorou na baía do Rio de Janeiro, um dos portos de maior actividade negreira e onde o fenómeno da escravidão impressionou deveras o naturalista, tal como o confirmou nos seus diários. Três meses depois, a corveta partiu para Montevideu, navegando depois para a Baía Branca, na Argentina, onde Darwin desenterrou ossos fossilizados de animais desconhecidos. Robert Fritz-Roy era da opinião que se tratava de animais que não tinham conseguido salvar-se na Arca, mas Darwin sustentava que podiam ser animais impossibilitados de sobreviver às inconstantes alterações climatéricas, hipótese que avançou depois de descobrir conchas em zonas onde, aparentemente, nunca existira mar.
A 16 de Dezembro de 1832, a expedição alcançou a Terra do Fogo, onde o mau tempo obrigou o Beagle a enfrentar adversidades terríveis. Para dobrar o cabo Horn, o navio empenhou-se, durante um mês, numa penosa navegação contra o vento do oeste, e a violência de um temporal acabou por tresloucar o capitão Pringle