Depois das suas viagens, Darwin passou o resto da sua vida a desenvolver diversos aspectos de problemas apresentados na sua obra A Origem das Espécies no Meio da Selecção Natural.
Alguns sectores científicos da época criticaram as teorias expostas em A Origem das Espécies, mas a reacção mais colérica foi do pensamento religioso ortodoxo. A ideia de que os organismos vivos tivessem evoluído por processos naturais contradizia os dogmas bíblicos e situavam a humanidade num plano idêntico ao dos animais, coisa que a maioria dos teólogos da época não podia aceitar. Esta polémica acompanhou Darwin até à sua morte, em 1882.